Efter at formiddagens fri træning var blevet aflyst på grund af tåge og dårligt vejr over Fuji banen, som i år er vært for Japans Grand Prix, var der frygt for at også kvalifikationen skulle aflyses og flyttes til søndag formiddag. Men vejret klarede så meget op at rednings helikopteren kunne gå i luften, og dermed blev kvalifikationen kørt til tiden.
I første runde var det Ferrari køreren Felipe Massa der satte hurtigste tid, mens vi her måtte sige farvel til:
17 - Rubens Barrichello
18 - Alexander Wurz
19 - Anthony Davidson
20 - Adrian Sutil
21 - Takuma Sato
22 - Sakon Yamamoto
Anden runde havde Lewis Hamilton som hurtigste kører, og her var det følgende kørere der ikke kom med til tredje og sidste runde:
11 - Giancarlo Fisichella
12 - Heikki Kovalainen
13 - David Coulthard
14 - Jarno Trulli
15 - Vitantonio Liuzzi
16 - Ralf Schumacher
Til tredje runde var de resterende racere tanket op med den mængde benzin som kørerne skal/vil starte søndagens løb med i tankene.
Samtlige 10 tilbageværende kørere var på banen 11 omgange, og blandt dem var det McLaren kørerne Lewis Hamilton og Fernando Alonso der var hurtigst.
Kvalifikationstiderne:
Pl.
Kører
Team
Kval. 1
Kval. 2
Kval. 3
1
Lewis Hamilton
McLaren
1:25.489
1:24.753
1:25.368
2
Fernando Alonso
McLaren
1:25.379
1:24.806
1:25.438
3
Kimi Raikkonen
Ferrari
1:25.390
1:24.988
1:25.516
4
Felipe Massa
Ferrari
1:25.359
1:25.049
1:25.765
5
Nick Heidfeld
BMW Sauber
1:25.971
1:25.248
1:26.505
6
Nico Rosberg
Williams
1:26.579
1:25.816
1:26.728
7
Jenson Button
Honda
1:26.614
1:25.454
1:26.913
8
Mark Webber
Red Bull
1:25.970
1:25.535
1:26.914
9
Sebastian Vettel
Toro Rosso
1:26.025
1:25.909
1:26.973
10
Robert Kubica
BMW Sauber
1:26.300
1:25.530
1:27.225
11
Giancarlo Fisichella
Renault
1:26.909
1:26.033
12
Heikki Kovalainen
Renault
1:27.223
1:26.232
13
David Coulthard
Red Bull
1:26.904
1:26.247
14
Jarno Trulli
Toyota
1:26.711
1:26.253
15
Vitantonio Liuzzi
Toro Rosso
1:27.234
1:26.948
16
Ralf Schumacher
Toyota
1:27.191
17
Rubens Barrichello
Honda
1:27.323
18
Alexander Wurz
Williams
1:27.454
19
Anthony Davidson
Super Aguri
1:27.564
20
Adrian Sutil
Spyker
1:28.628
21
Takuma Sato
Super Aguri
1:28.792
22
Sakon Yamamoto
Spyker
1:29.668
Ovenstående kvalifikationsresultat ændres dog lidt til startgridden til løbet, idet Williams teamet har været nød til at skifte motor på Nico Rosbers racer op til denne weekend, så han rykkes 10 placeringer bagud på startgridden.