Efter fredag aftens to gange to timers kvalifikation, der udartede sig til at blive en duel mellem Audi og Peugeot, var det Peugeot køreren Sebastien Bourdais der for tredje år i træk kørte sig til pole position. Bourdais kørte tiden 3:22,888 i den Peugeot 908 HDi FAB (#8) racer som han deler med Franck Montagny og Stephane Sarrazin i Team Peugeot Total. På 2. pladsen kom Audi Sport Team Joest med deres Audi R15 TDI (#1), her var det Allan McNish der satte tiden 3:23,650. McNish deler Audi raceren med danske Tom Kristensen samt Rinaldo Capello.
Startopstilling til 24-timers løbet på Le Mans 2009: